El programa propone dos líneas de investigación que son coordinadas desde cada una de las Universidades/sedes. No obstante, cada una de ellas están conformadas por académicos, indistintamente, de todas las sedes:

Línea 1: Formación docente y aprendizaje

Esta línea de investigación busca generar conocimiento en torno a enfoques, políticas y prácticas de formación de profesores, en distintos niveles de formación, áreas disciplinares y contextos de desempeño profesional, así como estudios sobre el proceso educativo ya sea en contextos naturales, virtuales y experimentales. Además, la línea considera la investigación en torno al desarrollo y funcionamiento típico y atípico del aprendizaje, considerando factores cognitivos y socioculturales, especialmente en áreas como el procesamiento numérico y cálculo, el procesamiento verbal y el aprendizaje de lenguas, e investigaciones sobre políticas, problemáticas y experiencias de inclusión educativa de estudiantes que por distintas razones son excluidos o invisibilizados en los sistemas educativos formales.

Línea 2: Educación e interculturalidad

La línea educación e interculturalidad tiene como objetivo fundamental la construcción de conocimientos desde un pluralismo epistemológico-intercultural, que permitan ampliar la comprensión de las desigualdades sociales y segregación cultural en población chilena y emigrada, tanto en el ámbito educativo como social. La novedad científica de la línea privilegia un pluralismo epistemológico en la propuesta de modelos educativos contextualizados que contrarresten la monoculturalidad en educación. El concepto que guía la línea de educación e interculturalidad, es entendido como un proyecto ético, político y epistémico en construcción, sobre la base del diálogo y decolonialidad de la matriz cultural occidental e indígena. La alta complejidad del problema que está a la base de la línea, exige un trabajo transdisciplinario, que convoca la participación de investigadores provenientes de distintas disciplinas de las Ciencias Sociales y Humanas, con educadores indígenas y otros actores sociales.